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お手続きの方法
まずは金融機関に書類を紛失したことを申し入れ、再度、登記申請のための「委任状」や「登記原因証明情報（抵当権解除証書など）」を再発行してもらう必要があります。
ただし、抵当権抹消登記の必要書類である「抵当権の登記済証（または登記識別情報通知書）」については金融機関で再発行できる書類ではないため、通常とは異なる手続きが必要になります。
登記済証（または登記識別情報通知書）を紛失している場合には、法務局による事前通知制度を利用することで手続きを進めていくこととなります。
これは、登記済証（または登記識別情報通知書）を添付せずに抵当権抹消登記を申請すると、法務局から登記義務者（金融機関）に通知書が送付されます。「権利証なく登記申請されているけれど本当に抵当権抹消の登記申請していますか？抹消していいのですか？」という内容のお手紙が届くイメージです。
その通知に申請時に押印した印鑑と同じ印鑑を押印して返送されることで登記が実行されます。
また、通常の抹消登記申請の際には、金融機関（抵当権者）の委任状に押印する印鑑は認印でも良いのですが、登記済証（登記識別情報通知）がない場合は会社実印で押印する必要があります。また、この会社実印に関する印鑑証明書も必要です（会社法人等番号を記載すれば、添付を省略することは可能です）。
金融機関のご担当者様に対し、登記のためのイレギュラーな手続きとなるご案内もフォローいたしますので、抵当権抹消書類を紛失されてしまった場合は司法書士にご相談ください。